分子模拟器 1.4
分子模拟器是一款专为科研人员和化学爱好者设计的安卓应用，由奥地利的elmar krieger在1993年开发，其名称yasara来源于“yet another scientific artificial reality application”的缩写，意为又一次科学与艺术的现实应用。该软件集图形显示、分子建模、分子对接和分子动力学模拟于一体，为用户提供了强大的分子模拟功能。
1. 艺术级显示界面：yasara的显示界面设计独特，不仅美观而且实用，默认的蓝色渐变背景设计增强了蛋白三维结构的层次感，同时减轻了长期使用用户的视力疲劳。
2. 兼容性强：软件支持超过70种分子文件格式，包括常见的pdb、mol2、sdf等，以及量子化学程序的输出文件，如adf、gaussian等，大大提升了软件的通用性和实用性。
3. 用户友好：软件支持一键切换分子显示模式，操作简便高效，同时提供了丰富的快捷工具和菜单栏功能，使得用户能够轻松上手。
4. 高性能内核：yasara采用了高效的pvl框架，相比传统软件具有更高的性能，能够迅速打开和处理大型pdb文件，速度提升可达50倍以上。
5. 多平台支持：除了安卓平台，yasara还支持windows、linux和mac等操作系统，满足了不同用户的使用需求。
1. 分子建模：用户可以通过yasara的结构构建模块，在几秒钟内手动搭建出复杂小分子/多肽的三维结构，并利用autosmiles工具对分子结构进行初步优化。
2. 分子对接：软件支持精准分子对接、全柔性受体-配体对接以及分子对接后的构象分析，帮助用户找到配体与受体之间的最佳结合模式。
3. 数据分析：yasara可以一键分析蛋白-蛋白、蛋白-配体之间的相互作用，如氢键、疏水作用等，并计算分子表面和溶剂可及表面，展示分子空腔结构。
1. 高效数据处理：yasara能够迅速处理大型分子结构数据，提供快速且准确的模拟结果，有助于科研人员快速推进研究进程。
2. 多功能集成：软件集成了分子建模、分子对接、分子动力学模拟和虚拟筛选等多种功能，满足了科研人员在分子模拟方面的多样化需求。
3. 场景目录功能：yasara独有的加载多个文件的功能，最多可加载达上千个结构文件，且可独立操作，互不影响，快速切换。
4. 质子化结构预测：yasara可以自由设定体系的ph值，并自动预测有机分子在当前ph下的质子化结构。
5. 结构叠合功能：可以对多个目标蛋白/小分子进行基于结构/序列的快速叠合，使结构之间的差异一目了然。
用户普遍对yasara软件表示满意，认为其界面美观、操作简便且功能强大。特别是在处理大型分子结构数据时，软件的性能表现尤为突出。同时，软件提供的多种分子模拟功能也满足了科研人员的多样化需求。不过，也有部分用户希望软件能够进一步优化用户界面和增加更多高级功能，以提升使用体验。总体来说，yasara是一款值得推荐的分子模拟软件。
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